Klaipėdos miesto Liaudies deputatų tarybos Vykdomojo komiteto 1980 m. lapkričio 28 d. sprendimu Nr. 705 įsteigtas 25-asis vaikų lopšelis-darželis. Savo veiklą įstaiga pradėjo 1981 m. vasario 23 d.
Klaipėdos miesto Valdybos 1994 m. balandžio 6 d. potvarkiu Nr. 208 įstaigai suteiktas pavadinimas lopšelis-darželis „Rūta“. Nuo veiklos pradžios iki 2014 m. rugpjūčio 29 d. įstaigai vadovavo direktorė Irena Elena Dulkytė.
Nuo 2014 m. rugsėjo 2 d. įstaigai vadovauja direktorė Inga Petravičienė. Lopšelis-darželis „Rūta“ yra bendrosios paskirties Klaipėdos miesto savivaldybės biudžetinė įstaiga, kurioje veikia 9 ikimokyklinio ir 2 priešmokyklinio ugdymo grupės, kurios komplektuojamos iš to paties amžiaus vaikų. Grupių darbo rėžimas yra 10,5 val. per dieną. Ikimokyklinio amžiaus vaikai ugdomi pagal Klaipėdos lopšelio-darželio „Rūta“ ikimokyklinio ugdymo programą. Priešmokyklinis ugdymas vykdomas pagal Švietimo ir mokslo ministro patvirtintą Priešmokyklinio ugdymo bendrąją programą. Integruojama Alkoholio, tabako ir kitų psichiką veikiančių medžiagų vartojimo prevencijos programa, priešmokyklinio ugdymo grupių vaikai dalyvauja socialinių ir emocinių įgūdžių ugdymo programoje „Zipio draugai“. Suburtos ir aktyviai veiklą plėtoja meninė ir sveikatinimo kūrybinės grupės.
Lopšelyje-darželyje yra muzikos salė, logopedo kabinetas, kuriuose dirba specialistai.